九月十五日，天气晴朗，满汉大臣、蒙古各部首领、西藏黄教上层喇嘛、贵族，齐集布达拉宫，为达赖喇嘛噶桑嘉措举行隆重的坐床典礼。将拉藏所立达赖伊喜嘉措解送北京，以防后患。
两路大军会师拉萨的同时，新疆军队也屡战屡胜，剿杀敌兵，擒获人畜，招抚数千准噶尔人众。
康熙皇帝得知各路都益加奋励，实属可嘉，命在事将军以下，兵丁以上，从优议叙。其中，以噶尔弼等遵从皇帝指授，首先进入拉萨，大沛恩泽，四川、云南满汉官兵以前所借俸银，概免扣取，并每人赏银十两，以示轸恤官兵劳苦之至意。
康熙皇帝在进兵安藏获胜后，进一步加强了对西藏的管理。派满洲蒙古及绿营兵，共四千名驻藏，由公策旺诺尔布署理定西将军印务，统辖驻藏兵马，额驸阿宝、都统武格均参赞军务。这是清朝政府在西藏驻兵的开始。以空布地方的第巴阿尔布巴首先效顺，同大兵取藏，阿里的第巴康济鼐截击准噶尔回路，皆封为贝子；隆布奈亲身归附，授辅国公。康熙六十年(1721)春，康熙皇帝以阿尔布巴、康济鼐、隆布奈及达赖喇嘛的强佐(一译商卓特巴，意为司库或总管)扎尔鼐等四人为噶卜伦(或译噶伦，意为政务官员),联合掌政，以康济鼐为首席噶卜伦，组成西藏地方政府。新政府官员由中央政府任命，消除了和硕特部汗王的影响，并改变了第巴独揽大权的局面，调动了西藏各地区贵族的积极性。招抚里塘、巴塘以后，暂归四川统辖。又在打箭炉至拉萨沿途设立驿站，更加密切了西藏边疆与内地的联系。康熙末年对西藏的施政措施，为雍正、乾隆时期进一步治理西藏奠定了基础。安藏，是康熙皇帝一生中重要业绩之一，他踏着前人的足迹，向前迈出了新的关键性的一大步。这时，康熙皇帝已是暮年，他为这项事业花费了近二十年的心血。