关于三掌教制，是研究清代伊斯兰教清真寺组织形式和管理制度最重要的部分。“三掌教制”，是承袭外国穆斯林的一种制度。“三掌教制”中的“三掌”名称，常常因地区不同而不同，但甘、宁、青一般设有伊玛目（掌教）、海推布（教经）和穆安金（呼唤礼拜）这三种职称。乾隆以来，改名为开学阿訇、二阿訇、玛金（即穆安金），以及学董和乡老等。开学阿訇是清真寺内的最高宗教首领，他率领教众礼拜、讲经、传教、主持宗教仪式等；二阿訇有时可以代行开学阿訇的职权，但主要是给经文大学讲经授课的；玛金是呼唤礼拜的人；学董、乡老不是神职人员，学董是清真寺事务方面的总负责人，一般由中上层教徒担任，他负责收学粮、管理清真寺寺产、维修清真寺、筹办各种宗教活动等；乡老一般则由热心宗教事务的下层教徒担任，是学董的助手。[51]中国伊斯兰的掌教制度，从明代到清康熙前，教长都是世袭的，并领取朝廷礼部颁发的札副，作为统治阶级批准的象征。到康熙时期，掌教制已经由世袭向教众选聘过渡。自乾隆四十六年（1781年），乾隆帝镇压了苏四十三回民起义之后，则下令在西北各地实行乡约，而代替三掌教制。明确规定，各清真寺不准有阿訇名目，也不准称教长，其管理者则由各级地方官“选老成回民，充当乡约，劝诫稽查”[52]伊斯兰教民。从此，清真寺内出现了对外名为“乡约”、对内名为“学董”的组织管理形式。另外，阿訇被取消后，宣讲伊斯兰教教义的人，则由熟悉或精通该教经典的教徒中选聘，这样原世袭的掌教制被去除。