永乐十四年（1416年），朱棣召集群臣，正式商议迁都北京的事宜。对于提出反对意见的一些大臣们，朱棣下了狠心，革职或严惩。从此，再也没有人敢反对迁都。次年，以南京紫禁城为模板的北京紫禁城正式动工了。
永乐十八年（1420年），北京皇宫和北京城终于建成了。北京皇宫以南京皇宫为“蓝本”，只是规模稍大了些。新修的北京城周长四十五里，呈规则的方形，完全符合《周礼·考工记》中理想的都城的形制。一切准备就绪之后，朱棣下诏正式迁都，改金陵应天府为“南京”，改北京顺天府为“京师”。
永乐十九年（1421年），也就是刚刚迁都几个月的一天傍晚，北京城突然风雨大作，并夹杂着阵阵惊雷。新修建不久的奉天、华盖、谨身三大殿因遭到雷击起火，火势汹汹，瞬间化为灰烬。对于此事的发生，朝野上下议论纷纷，朱棣心中也升起了不祥之感。礼部主事萧仪立即上奏：“迁都后诸事不便，且弃绝皇脉与孝陵，有违天意。”朱棣看完奏本之后，顿时气急败坏，他觉得萧仪把迁都与雷击三大殿联系起来，完全是在蓄意诽谤。因此，他几乎在第一时间内就做出决定，命令锦衣卫将萧仪抓进北镇抚司大牢，没有进行任何审讯，就以“谤君之罪”处以极刑。